Informacija

Skupovi podataka 16S rRNA i 5S rRNA

Skupovi podataka 16S rRNA i 5S rRNA



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Trebam 16S rRNA i 5S rRNA (Gammaproteobacteria - E.coli) Datoteke sekundarne strukture u ct formatu.

Pokušao sam ih tražiti u različitim RNA bazama podataka, nisam mogao pronaći. Može li mi netko reći gdje mogu pronaći takve skupove podataka?

Hvala unaprijed.


RNA STRAND v2.0 - RNA sekundarna struktura i statistička baza podataka za analizu http://www.rnasoft.ca/strand/

16S rRNA: datoteka sekundarne strukture u ct formatu

http://www.rnasoft.ca/strand/show_file.php?format=CT&molecule_ID=CRW_00111&check_out_the=View+the+RNA+sequence+and+secondary+structure+for+molecule+CRW_00111

5S rRNA: datoteka sekundarne strukture u ct formatu

http://www.rnasoft.ca/strand/show_file.php?format=CT&molecule_ID=CRW_00573&check_out_the=View+the+RNA+sequence+and+secondary+structure+for+molecule+CRW_00573


Vrste RNA (ribonukleinska kiselina): 4 vrste

To je najzastupljenija RNA (70-80% ukupne) koja ima 3-4 tipa. Neki od njegovih tipova (23S, 28S) su najduži od svih RNA. Kao što ime govori, rRNA je sastavni dio ribosoma.

Ovdje leži smotana između i preko proteinskih molekula. Ovisno o koeficijentu sedimentacije, RNA eukariota su četiri tipa - 28S, 18S, 5.8S i 5S.

Prokariotski ribosomi imaju tri vrste RNA - 23S, 16S i 5S. 28S, 5.8S i 5S (23S i 5S kod prokariota) se javljaju u većoj podjedinici ribosoma, dok se 18S (16 S kod prokariota) nalazi u manjoj podjedinici ribosoma. rRNA se transkribira u obliku dužeg lanca od 45S u eukariota i 30S u prokariota.

U eukariotskom transkriptu raspored u smjeru 5′ → 3′ je 18S — 5,8S — 28S. Prije uklanjanja razmaknice RNA događa se nekoliko metilacija. Uklanjanje razmaknice RNA razbija transkript na 2-3 dijela. 5S se često prepisuje zasebno.

(i) rRNA vežu proteinske molekule i stvaraju ribosome,

(ii) U kraj 18S rRNA (16S u prokariotima) ima nukleotide komplementarne onima u cap regiji mRNA.

(iii) 5S rRNA i okolni proteinski kompleks osiguravaju vezno mjesto za tRNA.

rRNA se povezuju sa specifičnim proteinima kako bi formirale podjedinice ribosoma. 50S podjedinica prokariotskog ribosoma sadrži 23S rRNA, 5S rRNA i oko 32 proteinske molekule. 30S podjedinica prokariotskog ribosoma ima 16S rRNA i oko 21 proteinsku molekulu.

60S podjedinica eukariotskog ribosoma sadrži 28S rRNA, 5S rRNA, 5.8S rRNA i oko 50 proteinskih molekula. 40S podjedinica eukariotskog ribosoma sastoji se od 18S rRNA i oko 33 proteinske molekule.

Upišite # 2. Transfer RNA (tRNA):

Također se naziva topljiva ili sRNA. Postoji preko 100 vrsta tRNA. Transfer RNA čini oko 15% ukupne RNA. tRNA je najmanja RNA sa 70-85 nukleotida i koeficijentom sedimentacije 4S. Dušikove baze nekoliko njegovih nukleotida se modificiraju, npr. pseudouridin (ψ), dihidrouridin (DHU), inozin (I).

To uzrokuje namotavanje inače jednolančane tRNA u oblik L (trodimenzionalni, Klug, 1974) ili oblik sličan djetelini (dvodimenzionalni, Holley, 1965). Otprilike polovica nukleotida je uparena bazama kako bi se dobile uparene stabljike. Pet regija je nesparenih ili jednolančanih – AA-vezno mjesto, T ψ S petlja, DHU petlja, ekstra krak i antikodonska petlja.

(i) Antikodon:

Sastoji se od tri dušične baze za prepoznavanje i pričvršćivanje na kodon mRNA.

(ii) AA-obvezujuća stranica:

Leži na 3′ kraju nasuprot antikodonu i ima CCA—OH skupinu. Ova CCA grupa se dodaje nakon transkripcije (5′ kraj nosi G). Aminokiselina ili AA-vezujuće mjesto i antikodon su dva mjesta prepoznavanja tRNA.

(iii) T ψ C petlja:

Sadrži pseudouridin. Petlja je mjesto za pričvršćivanje na ribosome,

(iv) DHU petlja:

Petlja sadrži dihidrouridin. To je vezno mjesto za enzim aminoacil sintetazu,

(v) Dodatna ruka:

To je krak ili petlja varijabilnog mjesta koja se nalazi između T ψ C petlje i antikodona. Točna uloga dodatne ruke nije poznata.

(i) tRNA je adaptorna molekula koja je namijenjena za prijenos aminokiselina na ribosome za sintezu polipeptida. Postoje različite tRNA za različite aminokiseline. Neke aminokiseline mogu pokupiti 2-6 tRNA. tRNA nose specifične aminokiseline u određenim točkama tijekom sinteze polipeptida prema cidonima mRNA.

Kodone prepoznaju antikodoni tRNA. Specifične aminokiseline prepoznaju se određenim aktivirajućim enzimima ili enzimima aminoacil sintetaze,

(ii) Oni drže peptidilne lance preko mRNA.

Upišite # 3. Messenger RNA (mRNA):

To je duga RNA koja čini 2-5% ukupnog sadržaja RNK. Donosi upute iz DNK za stvaranje određene vrste polipepa i šitida. Upute su prisutne u baznom slijedu njegovih nukleotida. Ii se zove genetski kod. Tri susjedne dušikove baze određuju određenu aminokiselinu.

Nad ribosomom dolazi do stvaranja polipepa i šitida. mRNA se veže za ribosom. tRNA se induciraju da dovedu aminokiseline u određeni slijed prema slijedu kodona prisutnih preko mRNA. mRNA ima metiliranu regiju na kraju 5′.

Djeluje kao kapa za pričvršćivanje s ribosomom. Nakon Capa slijedi inicijacijski kodon (AUG) ili odmah ili nakon male nekodirajuće regije. Zatim postoji kodirajuća regija iza koje slijedi terminacijski kodon (UAA, UAG ili UGA). Zatim postoji mala nekodirajuća regija i poli A područje na kraju 3’ (slika 9.24). mRNA može specificirati samo jedan polipeptid ili više njih.

Prvi se zove monocistronski, dok je drugi poznat kao policistronski. Policistronska mRNA je češća u prokariota. Eukariotska mRNA je obično monocistronska.

Životni vijek mRNA također je promjenjiv. U nekim nižim oblicima to je od nekoliko minuta do nekoliko sati. S druge strane čini se da mRNA viših oblika imaju dug život. To je nekoliko dana u slučaju mladih crvenih krvnih zrnaca koji nastavljaju stvarati hemoglobin čak i kada je jezgra degenerirana.

(i) mRNA nosi kodirane informacije za prijevod u polipeptidnu formu­tion.

(ii) Reverznom transkripcijom može formirati kompaktne gene koji se koriste u genetskom inženjeringu. Fenomen se također javlja u prirodi i dodao je određene gene u genome,


Karakteristike nuklearnih (18S, 5.8S, 28S i 5S) i mitohondrijalnih (12S i 16S) rRNA gena Apis mellifera (Insecta: Hymenoptera): struktura, organizacija i retrotransponirajući elementi

Ponovna uporaba ovog članka dopuštena je u skladu s Creative Commons Deedom, Atribucija 2·5, koji ne dopušta komercijalno iskorištavanje.

Sažetak

Kao popratni rukopis oslobađanja genoma pčele, izvještavamo o cjelokupnom slijedu nuklearnih (18S, 5.8S, 28S i 5S) i mitohondrijske (12S i 16S) ribosomalne RNA (rRNA) koje kodiraju genske sekvence (rDNA) i srodne interno i eksterno transkribirane razmaknice Apis mellifera (Insecta: Hymenoptera: Apocrita). Dodatno, predviđamo sekundarne strukture za zrele rRNA molekule na temelju usporednih analiza sekvenci s drugim svojtima člankonožaca i pozivanja na nedavno objavljene kristalne strukture ribosoma. Općenito, strukture rRNA medonosne pčele su u skladu s prethodno predviđenim modelima rRNA drugih člankonožaca u jezgrinim regijama rRNA, uz malo dodatnog širenja u nekonzerviranim regijama. Naša višestruka poravnanja sekvenci dostupna su u nekoliko javnih baza podataka i pružaju preliminarnu uspostavu globalnog strukturnog modela svih rRNA od insekata. Dodatno, pružamo očuvane dijelove sekvenci koje okružuju cistrone rDNA koje obuhvaćaju eksterno transkribirane razmaknice (ETS) i dio intergenske razmaknice (IGS), uključujući nekoliko ponavljajućih motiva. Konačno, izvještavamo o pojavi retrotranspozicije u rDNA velike jezgrene podjedinice, budući da su R2 elementi prisutni u uobičajenim točkama umetanja koje se nalaze u drugih člankonožaca. Zanimljivo je da funkcionalni R1 elementi obično prisutni u genomima insekata nisu otkriveni u genima rRNA medonosne pčele. Produkti reverzne transkriptaze elemenata R2 izvedeni su iz njihovih navodnih otvorenih okvira za čitanje i strukturno usklađeni s onima iz drugog kukca himenoptera, dragulj ose Nasonia (Pteromalidae). Dijelovi očuvanih aminokiselina podijeljeni između Apis i Nasonia su ilustrirani i služe kao potencijalna mjesta za dizajn primera, jer ciljni amplikoni unutar ovih R2 elemenata mogu poslužiti kao novi filogenetski markeri za Hymenoptera. S obzirom na skori završetak sekvenciranja Nasonia genoma, očekujemo da će naše izvješće u konačnici baciti svjetlo na evoluciju genoma himenoptera unutar viših insekata, posebno u pogledu relativnog održavanja konzerviranih gena rDNA, povezanih varijabilnih razmaknica i retrotranspobilnih elemenata.


DiversitySeq

Motivacija: Sekvenciranje sljedeće generacije, a posebno sekvenciranje gena 16S ribosomske RNA (16S rRNA), moćna je tehnika za identifikaciju i kvantificiranje mikroba koji žive u ljudima, zajednički poznatih kao ljudska mikrobiota. Nakon što se brojnost bakterija profilira putem sekvenciranja gena 16S rRNA i sažeta u skup podataka o broju, indeksi raznolikosti pružaju vrijedne matematičke alate za istraživanje sastava ljudske mikrobiote. Ukratko, alfa raznolikost se može koristiti za opisivanje taksonomske složenosti jednog uzorka, dok se beta raznolikost može koristiti za identifikaciju razlika između uzoraka.

Rezultati: Paket DiversitySeq implementira u jedinstveni okvir cijeli panel indeksa raznolikosti koji je pregledan u (Finotello i sur., 2016.), omogućujući procjenu raznolikosti iz skupova podataka brojanja. DiversitySeq također implementira simulator za generiranje skupova podataka sintetičkog broja iz sekvenciranja gena 16S rRNA. Osim podataka sekvenciranja gena 16S rRNA, ovaj se paket može koristiti s drugim skupovima podataka sa sličnim karakteristikama, kao što je sekvenciranje gena 5S rRNA, metagenomika okoliša ili, općenito, bilo koja vrsta matrice u kojoj se izračunava broj za različite klase koje se ne preklapaju.

Citat

Ako koristite softver za svoje istraživanje, pogledajte izvorni DiversitySeq rad s citiranjem u nastavku.

Finotello F, Mastrorilli E, Di Camillo B. Mjerenje raznolikosti ljudske mikrobiote s ciljanim sekvenciranjem sljedeće generacije. Brifinzi iz bioinformatike. 2018. 19. srpnja (4): 679-692.


Eksperimentalne procedure

Predviđanje sekundarne strukture rRNA

Sastavljene sekvence rDNA pčele bile su integrirane u modele rRNA člankonožaca (nl 18S, 5.8S, 28S, 5S rRNA mt 12S i 16S rRNA) predviđene i sastavljene na web stranici Comparative RNA (CRW Site) (http://www.rna). .icmb.utexas.edu) i web stranicu jRNA (http://hymenoptera.tamu.edu/rna). Numeriranje heliksom slijedi E coli sustav dostupan na CRW stranici. Informacije koje se odnose na poravnanje RNA sekvenci korištenjem modela sekundarne strukture, uključujući kovarijacijsku analizu, termodinamičke algoritme i dvosmisleno usklađene regije, dostupne su na obje web stranice. Dijagrami modela sekundarne strukture generirani su programom XRNA (koji su razvili B. Weiser i H. Noller, Sveučilište Santa Cruz, CA). Tablice frekvencija baznih parova i strukturni dijagrami dostupni su na web stranici CRW-a. Razlike između naših prethodnih rRNA struktura artropoda i onih koje su ovdje prikazane su ilustrirane na web stranici jRNA.

Usporedba IGS sekvenci

Konzervirane sekvence rDNA koje okružuju 3′-terminalni kraj 28S rRNA i 5′-terminalni kraj 18S rRNA korištene su za Blast (Altschul et al., 1990.) pretražuje bazu podataka genoma medonosne pčele (http://racerx00.tamu.edu/bee_resources.html). Istražene su sve opcije u sklopu 3, uključujući nedodijeljene grupe (bin 0), međutim, gotovo bez iznimke, svi Blast rezultati su bili unutar ponovljenih čitanja sklopa 3. Korištene su zadane Blast postavke, osim što nismo filtrirali prema niskoj složenosti. Rezultati su promatrani kao master-slave s identitetima i prikazani s 500 opisa i poravnanja. Koristili smo master-slave za identifikaciju čitanja korištenih u sljedećim Blast pretragama kako bismo proširili slijed. Zabilježene su samo razlike u slijedu koje su se ponavljale četiri ili više puta. Jedinstvene i rijetke SNP razlike nisu prijavljene. Sekvence su zatim ručno usklađene u SeAl v2.0a11 (Rambaut, 1996.). Samo jedno poravnanje napravljeno je za 5′-kraj IGS-a, dok su tri poravnanja napravljena za 3′-kraj IGS i ETS regija. Poravnanja su dostupna na web stranici jRNA.

Predviđanje R1 i R2 elementa rDNA sekvence koje se protežu na očuvana mjesta umetanja za R1 i R2 elemente u člankonošcima sastavljene su korištenjem strategije Blast o kojoj je gore raspravljano. Rezultati koji su sadržavali sekvence koje nisu rDNA umetnute na 5′- ili 3′-kraj mjesta umetanja rDNA izvezeni su u SeAl radi ručnog poravnanja. Daljnja Blast pretraživanja provedena su korištenjem konzerviranih područja usklađenih sekvenci, što nam je omogućilo da 'šetamo' preko R elemenata i s 5'- i 3'-kraja. Po završetku R2 elemenata, preveli smo konsenzusni slijed u šest okvira kako bismo odredili ORF RT proteina. To je omogućilo identifikaciju navodnih početnih i stop kodona. Nukleotidne i aminokiselinske sekvence elementa R2 pčele bile su usklađene s R2-B elementom dragulj ose, Nasonia sp. ( pristupni broj GenBank AF090145). Poravnavanje je izvršeno ručno s obzirom na objavljenu strukturu RT proteina iz člankonožaca (Burke et al., 1999 ).


Sažetak

Javno dostupne baze podataka sekvenci gena male podjedinice ribosomske RNA, također poznate kao 16S rRNA u bakterijama i arhejama, brzo rastu, a broj unosa trenutno premašuje 4 milijuna. Međutim, još ne postoji jedinstveni klasifikacijski i nomenklaturni okvir za sve bakterije i arheje. U ovom članku o analizi predlažemo racionalne taksonomske granice za visoke svojte bakterija i arheja na temelju identiteta sekvenci gena 16S rRNA i predlažemo obrazloženje za ograničenje nekulturnih svojti koje je kompatibilno s taksonomijom uzgojenih bakterija i arheja. Naše analize pokazuju da samo gotovo potpune sekvence 16S rRNA daju točne mjere taksonomske raznolikosti. Osim toga, naše analize sugeriraju da će većina sekvenci 16S rRNA visokih svojti biti otkrivena u istraživanjima okoliša do kraja tekućeg desetljeća.


Metode

Sojevi bakterija i uvjeti rasta

Zarazan, niskoprolazni B. burgdorferi N40 je osigurao dr. L. Bockenstedt (Sveučilište Yale, New Haven, CT). Neinfektivni visoki prolaz B. burgdorferi B31 je osigurao dr. J. Radolf (Sveučilište Connecticut Health Center, Farmington, CT). B. burgdorferi 297 (klon BbAH130) dao je dr. M. Norgard (Sveučilište Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX). Ovaj zarazni soj divljeg tipa bio je roditeljski soj za ΔrelBbu B. burgdorferi [19]. B. burgdorferi sojevi su održavani na 34ଌ u BSK-H (Sigma Chemical Co., St. Louis, MO) s dodatkom 6% zečjeg seruma (Sigma) (potpuni BSK-H) ako nije drugačije navedeno. Broj stanica određen je mikroskopijom u tamnom polju kao što je prethodno opisano [17].

Izolacija DNA i PCR

DNK iz B. burgdorferi je izoliran korištenjem High Pure PCR Template Preparation Kit (Roche Diagnostics Corporation, Indianapolis, IN). PCR amplifikacija je izvedena korištenjem Taq DNA polimeraza (Sibgene, Derwood, MD). Primeri koji se koriste za PCR navedeni su u Tablici ​ Tablica 1. 1 . PCR je izveden u konačnom volumenu od 10 μl koristeći Idaho Technology RapidCycler (Idaho Technology Inc., Salt Lake City, UT). Program amplifikacije sastojao se od denaturacije na 94ଌ tijekom 15 sekundi, nakon čega je slijedilo 37 ciklusa od 94ଌ za 10 sec-53ଌ za 10 sec-72ଌ za 50 sec RNAle Ala - za RNAtRNAle2 min (za regiju tRNA Ile -23S rRNA) i konačno produženje na 72ଌ tijekom 30 sekundi.

Izolacija RNA i RT-PCR

RNA iz B. burgdorferi izoliran je s TRIzol reagensom (Invitrogen Life technology, Carlsbad, CA.) prema preporukama proizvođača i tretiran je s DNazom bez RQ1 RNase (Promega Corporation, Madison, WI) kako bi se uklonila kontaminacija DNA. Primeri koji se koriste za RT-PCR navedeni su u tablici ​ Tablica 1 1, a njihov položaj prikazan je na slici ​ Slika 1. 1 . RT-PCR je izveden korištenjem Access RT-PCR sustava (Promega) u RapidCycleru uz sljedeće uvjete: reverzna transkripcija na 48ଌ tijekom 45 minuta, denaturacija na 94ଌ tijekom 2 minute nakon čega slijedi 35 ciklusa od 00b� za 10 sec-52ଌ (5S rRNA, tRNA Ile, tRNA Ala, tRNA Ala - tRNA Ile, tRNA Ile - 23S rRNA, 23S rRNA - 5S rRNA i 5S rRNA - 23S rRNA) ili međugenska regija 13S rRNA, 1056S rRNAx, 106S rRNA 23S rRNA i 16S rRNA-tRNA Ala intergenska regija) za 10 sec-68ଌ za 50 sekundi (svi rRNA i tRNA geni i njihove intergenske regije osim tRNA Ile -23S rRNA i 23S rRNA- 5S rRNA međuregija) ili intergenska regija 5S rRNA (tRNA Ile -23S rRNA i 23S rRNA-5S rRNA intergenske regije) i konačno proširenje na 68ଌ tijekom 5 min.

Izolacija i mjerenje ukupne DNA i ukupne RNA

B. burgdorferi B31 su uzgojeni iz 3 × 10 4 stanice/ml u BSK-H sa ili bez 6% zečjeg seruma na 34ଌ, ili u BSK-H sa 6% zečjeg seruma na 23ଌ. B. burgdorferi od 50-70 ml kulture su sakupljene centrifugiranjem, isprane dvaput s PBS-om, pH 7,5, resuspendirane u 900 μl PBS-a i pomiješane sa 100μl 50% trikloroctene kiseline na 0ଌ. Nakon najmanje 15 minuta na 0ଌ, stanice su sakupljene na filterima od staklenih vlakana bez veziva (Millipore, Irska, promjer 25 mm, penetracija čestica 2,7 μm) i isprane s 20 ml 5% trikloroctene kiseline. Filtri koji su sadržavali zarobljene stanice su presavijeni, stavljeni na dno epruvete (13 × 100 mm) i prekriveni s 2 ml 5% trikloroctene kiseline. Epruvete su zatvorene i stavljene u vodenu kupelj na 90°-95ଌ na 20 minuta. Nakon hlađenja, stakleni filteri su sedimentirani centrifugiranjem, a koncentracije DNA i RNA su određene kolorimetrijski na alikvotima supernatanta tekućine difenilaminom (za DNA) ili orcinolom (za RNA) testovima [22,23]. Svaki eksperiment je ponovljen dvaput s dvije tehničke replike. Podaci su prikazani kao srednja vrijednost ± SE.

Mjerenje ukupnog proteina

B. burgdorferi B31 su uzgajani kao gore. B. burgdorferi stanice iz 1,5 ml kultura sakupljene su centrifugiranjem, isprane dvaput s PBS-om, pH 7,5, kako bi se uklonili svi adherentni proteini izvedeni iz medija kulture, resuspendirane u 50 μl pufera za lizu koji sadrži 50 mM Tris-HCl, pH 7,5 0,15 M NaCl 1 mM EDTA 0,1% Triton X-100 i inkubirano na ledu 10 minuta. Ukupni proteini mjereni su Bradfordovom metodom [47] (Bio-Rad Protein Assay, Bio-Rad Laboratories) sa standardom goveđeg serumskog albumina. Svaki eksperiment je ponovljen dvaput s dvije tehničke replike. Podaci su prikazani kao srednja vrijednost ± SE.

Detekcija (p)ppGpp

(p)ppGpp je ekstrahiran iz [32P]-obilježenog B. burgdorferi i kromatografiran na celuloznim PEI-TLC pločama (Selecto Scientific, Suwanee, GA) kao što je prethodno opisano [17]. Ploče su osušene na zraku, izložene fosfornom ekranu (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA) tijekom 12 do 24 sata i skenirane pomoću Storm 860 PhosphorImager (Molecular Dynamics).

Reverzna transkripcija i PCR u stvarnom vremenu

Sinteza cDNA izvedena je s 1 μg ukupnog B. burgdorferi RNA korištenjem slučajnih primera p(dN)6 (Roche) i reverzna transkriptaza virusa mijeloblastoze ptica (Promega) prema preporukama proizvođača. Za kvantificiranje flaB mRNA i 16S i 23S rRNA, rezultirajuće cDNA su amplificirane i analizirane na LightCycler PCR instrumentu u stvarnom vremenu (Roche) korištenjem LightCycler Master SYBR Green I mješavine (Roche). PCR je izveden u staklenim kapilarama u konačnom volumenu od 20 μl kao što je prethodno opisano [18]. Program amplifikacije sastojao se od denaturacije na 95ଌ tijekom 2 minute nakon čega slijedi 35 ciklusa od 95ଌ za 1s-55ଌ (flaB i 23S rRNA) ili 57ଌ (16S rRNA) za 5 s-72ଌ za 10 s. PCR reakcije su izvedene najmanje dva puta za svaki izolat RNA. Za pokuse s promjenom temperature korištena je RNA izolirana iz najmanje dvije neovisne kulture. PCR reakcije su izvedene 4 puta za svaki RNA izolat u pokusima s relBbumutant, a RNA je izolirana iz jedne kulture 2., 4. i 5. dana, te iz dvije neovisne kulture 3. i 6. dana. Rezultati korištenjem dva različita seta primera za kvantifikaciju 16S rRNA (Tablica ​ (Tablica 1, 1, Slika & #x200B Slika 1) 1) bili su slični i stoga su kombinirani. Genomska DNK iz 10 3 -10 6 stanica odgovarajućih B. burgdorferi soj je korišten kao standard za procjenu količine cDNA za gene proučavane u svakom PCR-u u stvarnom vremenu. Uzorci su normalizirani na količinu konstitutivno eksprimirane cDNA flaB. Relativna razina ekspresije rRNA (kopije rRNA/kopije flaB) izračunate su za svaku pojedinačnu vrstu rRNA (16S ili 23S rRNA). Jer flaB ekspresija mRNA je konstitutivna [48,49], i flaB nalazi se na kromosomu distalno od početka replikacije [50] što osigurava da postoji samo jedna kopija flaB/borelijska stanica, normalizacija s flaB je adekvatan. U RT RT-PCR eksperimentima s različitom temperaturom, te su razine ekspresije dodatno normalizirane na ekspresiju tijekom rasta u BSK-H pri 23ଌ i 106 stanica/ml. U eksperimentima s ΔrelBbu, razine ekspresije su normalizirane na ekspresiju divljeg tipa drugog dana - prvog dana kada je RNA sakupljena, odvojeno za 16S i 23S rRNA. Relativna ekspresija rRNA svake vrste rRNA prikazana je kao srednja vrijednost ± SE.

Statističke metode

Razlike u srednjim razinama transkripcije rRNA, broju stanica i količinama ukupne DNA, RNA i proteina statistički su analizirane korištenjem jednosmjerne analize varijance s Tukey-Kramer višestrukim usporedbama nakon testa. Razlike su se smatrale značajnim ako je P < 0,05.


Ribosomska RNA

Naši će urednici pregledati ono što ste poslali i odlučiti hoće li revidirati članak.

ribosomska RNA (rRNA), molekula u stanicama koja čini dio organele koja sintetizira proteine ​​poznate kao ribosom i koja se izvozi u citoplazmu kako bi pomogla prevesti informacije u glasničkoj RNA (mRNA) u protein. Tri glavne vrste RNK koje se javljaju u stanicama su rRNA, mRNA i prijenosna RNA (tRNA).

Molekule rRNA se sintetiziraju u specijaliziranoj regiji stanične jezgre koja se naziva nukleolus, koja se pojavljuje kao gusto područje unutar jezgre i sadrži gene koji kodiraju rRNA. Kodirane rRNA razlikuju se po veličini i razlikuju se kao velike ili male. Svaki ribosom sadrži najmanje jednu veliku rRNA i najmanje jednu malu rRNA. U nukleolu, velika i mala rRNA se kombiniraju s ribosomskim proteinima kako bi tvorile veliku i malu podjedinicu ribosoma (npr. 50S i 30S, u bakterijama). (Ove podjedinice općenito se nazivaju prema njihovoj brzini sedimentacije, mjerenoj u Svedbergovim jedinicama [S], u centrifugalnom polju.) Ribosomalni proteini se sintetiziraju u citoplazmi i transportiraju u jezgru radi podsklopa u nukleolusu. Podjedinice se zatim vraćaju u citoplazmu radi konačnog sastavljanja.

rRNA tvore opsežne sekundarne strukture i igraju aktivnu ulogu u prepoznavanju konzerviranih dijelova mRNA i tRNA. Kod eukariota (organizama koji posjeduju jasno definiranu jezgru) u jednoj stanici može biti prisutno od 50 do 5000 setova rRNA gena i čak 10 milijuna ribosoma. Nasuprot tome, prokarioti (organizmi kojima nedostaje jezgra) općenito imaju manje skupova rRNA gena i ribosoma po stanici. Na primjer, u bakteriji Escherichia coli, sedam kopija gena rRNA sintetizira oko 15 000 ribosoma po stanici.

Postoje radikalne razlike između prokariota u domenama Archaea i Bacteria. Ove razlike, osim što su očite u sastavu lipida, staničnih stijenki i korištenju različitih metaboličkih puteva, odražavaju se i na sekvence rRNA. rRNA bakterija i arheja međusobno se razlikuju koliko i od eukariotske rRNA. Ova informacija važna je za razumijevanje evolucijskog podrijetla ovih organizama, jer sugerira da su se bakterijske i arhealne linije odvojile od zajedničkog prethodnika nešto prije nego što su se razvile eukariotske stanice.

U bakterijama je gen koji se pokazao najinformativnijim za istraživanje evolucijske srodnosti 16S rRNA, slijed DNA koji kodira RNA komponentu manje podjedinice bakterijskog ribosoma. The 16S rRNA gen je prisutan u svim bakterijama, a srodni oblik javlja se u svim stanicama, uključujući stanice eukariota. Analiza 16S rRNA sekvencije mnogih organizama otkrilo je da neki dijelovi molekule prolaze kroz brze genetske promjene, čime se razlikuju različite vrste unutar istog roda. Ostali položaji se mijenjaju vrlo sporo, što omogućuje razlikovanje mnogo širih taksonomskih razina.

Druge evolucijske implikacije rRNA proizlaze iz njezine sposobnosti da katalizira reakciju peptidil transferaze tijekom sinteze proteina. Katalizatori se samopromovišu – olakšavaju reakcije, a da se sami ne konzumiraju. Stoga se sumnja da je rRNA, služeći i kao skladište nukleinskih kiselina i kao katalizator, odigrala ključnu ulogu u ranoj evoluciji života na Zemlji.

Urednici Encyclopaedia Britannica Ovaj članak je nedavno revidirala i ažurirala Kara Rogers, viša urednica.


BIOKEMIJA, BIOMEDICINA & FARMACEUTIKA

1) Genetski kod je trostruki nukleotidni slijed u mRNA koji određuje slijed aminokiselina proteina. Sljedeće su karakteristike aminokiselina OSIM:
a) Specifičnost
b) Univerzalni
c) Suvišan
d) Preklapanje

2) Aminoacil t-RNA sintetaza katalizira dodavanje aminokiselina rastućem polipeptidnom lancu i zahtijeva četiri visokoenergetska fosfata. Oni su
a) 4 ATP
b) 4 GTP
c) 2 ATP, 2 GTP
d) 1 ATP, 3 GTP

3) Ribosom ima tri vezna mjesta (A, P, E) za molekule tRNA. Što od sljedećeg NIJE točna tvrdnja u vezi s ovim stranicama?
a) Mjesto A veže se na dolaznu aminoacil-tRNA
b) Kodon P mjesta zauzima peptidil-tRNA (aminokiselina koja sadrži tRNA)
c) E mjesto zauzima prazna t-RNA dok izlazi iz ribosoma
d) Ništa od navedenog

4) Shine Dalgarno sekvenca nalazi se šest do deset baza uzvodno od inicijacijskog kodona mRNA. Sastoji se od
a) Nukleotidni slijed bogat purinom
b) Nukleotidni slijed bogat pirimidinom
c) Nukleotidni slijed koji sadrži uracil
d) Ništa od navedenog

5) Što je od sljedećeg inicijacijski kodon?
a) UGA
b) AUG
c) CUA
d) GAA

6) Kod prokariota inicijacijski čimbenici (IF-1, IF-2 i IF-3) sudjeluju u pokretanju sinteze proteina. Koji od sljedećih čimbenika olakšava inicijacijski kodon?
a) IF-1
b) IF-2
c) IF-3
d) Sve navedeno

7) EF-Tu i EF-T se vežu na odgovarajuću tRNA na kodon na praznim mjestima. Ovi čimbenici su uključeni u. prijevoda.
a) Inicijacija
b) Produljenje
c) Raskid
d) Obrezivanje

8) Kloramfenikol je klasa antibiotika koji inhibiraju sintezu proteina inhibiranjem
a) Aminoacil transferaza
b) Peptidil transferaza
c) Inicijacijski faktor 1
d) Faktor istezanja

9) Puromicin, strukturni analog tRNA, je klasa antibiotika koji inhibiraju sintezu proteina
a) inhibiranje amino aciltransferaze
b) inhibiranje peptidil transferaze
c) rani završetak peptidnog lanca
d) Ništa od navedenog

10) Tetraciklin je klasa antibiotika koji blokiraju sintezu proteina
a) vezanje inicijacijskih faktora
b) vezanje faktora elongacije na tRNA
c) vezanje aminoacilne tRNA na kompleks mRNA-ribosom
d) Ništa od navedenog

11) Što od sljedećeg nije točno o genetskom kodu?
a) Degeneriran je
b) Nedvosmisleno je
c) Gotovo je univerzalan
d) Preklapa se
12) Što od sljedećeg nije sastavni dio ribosomske RNA prisutne u prokariota?
a) 23S rRNA
b) 18S rRNA
c) 16S rRNA
d) 5S rRNA


13) Što od sljedećeg nije sastavni dio ribosomske RNA prisutne u eukariota?
a) 28S rRNA
b) 18S rRNA
c) 16S rRNA
d) 5S rRNA

14) Koje je od navedenog mjesto vezanja aminokiseline u molekuli tRNA?
a) 5' kraj
b) 3' kraj
c) antikodonska petlja
d) Ništa od navedenog

15) Laktoza Operon je skup gena za metabolizam laktoze koji je koordinirano izražen i reguliran. Sljedeće nije gen laktoznog operona:
a) LacX
b) LacZ
c) LacY
d) LacA

16) Što od navedenog nije pozitivni regulator Lac operona
a) alolaktoza
b) Glukoza
c) laktoza
d) cAMP

17) Što je od sljedećeg LAŽNA izjava operona Laktoza
a) Lac Operaon se aktivira kada je glukoza odsutna
b) Lac Operon se aktivira kada je prisutna laktoza
c) Lac Operon se aktivira kada je glukoza odsutna, a laktoza prisutna
d) Lac Operon se aktivira kada je glukoza prisutna, a laktoza odsutna

18) Koji od sljedećih gena kodira protein represor lac operona
a) LacI
b) LacZ
c) LacY
d) LacA

19) LacZ kodira protein
a) permease
b) beta-galaktozidaza
c) transacetilaza
d) protein represor

20) Adenilil ciklaza je enzim koji je aktivan u odsutnosti
a) alolaktoza
b) Glukoza
c) laktoza
d) cAMP

21) Enzim peptidil transferaza je prisutan u
a) Messenger RNA
b) Transfer RNA
c) Ribosomska RNA
d) Mala nuklearna RNA



Pitanja

Proučite materijal iz ovog odjeljka, a zatim napišite odgovore na ova pitanja. Nemojte samo kliknuti na odgovore i napisati ih. Ovo neće testirati vaše razumijevanje ovog vodiča.

  1. Opišite bakterijske ribosome. (odgovor)
  2. Navedite funkciju ribosoma. (odgovor)
  3. Definirajte prijevod. (odgovor)
  4. Navedite, u općem smislu, kako antibiotici poput neomicina, tetraciklina, doksiciklina, eritromicina i azitromicina utječu na rast bakterija. (odgovor)
  5. Tetraciklini (tetraciklin, doksiciklin) su antibiotici koji se vežu na 30S podjedinicu bakterijskih ribosoma. Makrolidi (eritromicin, azitromicin, klaritromicin) su antibiotici koji se vežu na 50S podjedinicu bakterijskih ribosoma. Zašto ovi antibiotici neće biti učinkoviti za gljivične, protozojske ili virusne infekcije? (odgovor)
  6. Više izbora(odgovor)


Gledaj video: 20180409 4 OTUs from 16S rRNA (Kolovoz 2022).