We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
Pokušavam razumjeti kinetiku enzima, formulu za Km i Kmačka ima smisla za mene.
Km , koncentracija supstrata pri kojoj je brzina reakcije polovica Vmax
Kmačka, koji se koristi za opisivanje granične brzine bilo koje enzimski katalizirane reakcije pri zasićenju. Većinu vremena Kmačka jednako K2 (NIJE slučaj kada postoji više koraka reakcije)
Mogu pronaći informacije o izračunu konstanta specifičnosti (Kmačka / Km) i što to znači:
konstanta specifičnosti, konstanta brzine za pretvorbu E + S u E + P
Međutim, ne mogu pronaći nikakvo detaljno objašnjenje ZAŠTO biste trebali podijeliti Kmačka od strane Km. Drugo Km je POLOVINA Vmax (tako da djeluje na pola zasićenja), ali Kmačka je u punom zasićenju, dijeljenje ova dva broja za mene nema smisla. Dakle, da ljetujem, pitam: Što je "značenje" podjele ova dva suglasnika?
definicije su izvedene/uređene iz Lehningerovih principa biokemije
Kao što $k_{cat}$ predstavlja brzinu reakcije pri zasićenoj koncentraciji supstrata, $k_{cat} / K_m$ predstavlja brzinu reakcije pri zanemarivoj koncentraciji supstrata.
Ako pogledamo standardnu Michaelis-Mentenovu kinetičku jednadžbu jedan supstrat/jedan proizvod:
$$v = frac{k_{cat}[E][S]}{K_m + [S]}$$
Možemo zamisliti što se događa kada je $[S] o 0$, vidimo da kada $[S] ll K_m$, nazivnik se može svesti na $K_m$, a time i jednadžba stope postaje
$$v = frac{k_{mačka}}{K_m}[E][S]$$
Ili drugim riječima, $k_{cat} / K_m$ je (pseudo) konstanta brzine drugog reda između enzima i supstrata, kada je $[S] ll K_m$.
Zapravo, kada uđete u složenije jednadžbe brzine (kao što su inhibitori, pH efekti i kinetički izotopski efekti), postoji pristojan argument (koji često iznosi WW Cleland) da su dvije ključne konstante za enzimske reakcije $k_{ cat}$ i $k_{cat} / K_m$, a $K_m$ treba smatrati "izvedenom" konstantom. (Činjenica da pišemo jednadžbu stope u terminima $k_{cat}$ i $K_m$ povijesna je nesreća - mogli smo jednako lako imati $ v = frac{k_{cat}Phi [E][ S]}{K_m + Phi [S]}$, gdje sam proizvoljno odabrao $Phi$ kao simbol za $k_{cat}/K_m$.)
Ovo još uvijek ostavlja pitanje zašto se $k_{cat} / K_m$ često naziva "konstantom specifičnosti" enzima. Razlog za to je taj što ako imate jedan enzim u prisutnosti dva različita supstrata, imate kompetitivnu postavku inhibicije. Matematika je malo gusta (vidi ovdje ili ovdje za primjere), ali krajnji rezultat je da je omjer brzina reakcije za dva supstrata povezan s omjerom njihovih odgovarajućih $k_{cat} / K_m$:
$$frac{v_a}{v_b} = frac{k_{mačka,A} / K_{m,A}}{k_{mačka,B} / K_{m,B}}frac{[A]} {[B]}$$
Ovo zapravo ima intuitivni smisao, s pravim načinom razmišljanja - jedina faza u kojoj se dva supstrata natječu (gdje donosite odluku da izvedete reakciju A u odnosu na reakciju B) je kada se vežu na slobodni enzim. "Stopa kada vam je stalo samo do slobodnog enzima" jednaka je zanemarivom slučaju supstrata. Uz zanemariv supstrat, sve što imate je slobodan enzim - nema dovoljno supstrata da bi imali značajne količine supstrata vezanog oblika, a brzina susreta enzima i supstrata je mnogo niža od brzine stvaranja proizvoda, što znači da u stalnom navedite da također nemate značajne količine obrasca vezanog uz proizvod. Stoga $k_{cat} / K_m$ za određeni supstrat predstavlja koliko je dobar besplatno enzim je u izvođenju te reakcije.
Taj se omjer češće naziva "katalitička učinkovitost" i to je loša mjera. U mnogim slučajevima, enzimi su bolji samo kada imaju veći kcat, jer je koncentracija supstrata uvijek daleko iznad Km. Korištenje omjera kada je to očito slučaj samo je zavaravajuće imo, ali to se događa prečesto.
U nekim slučajevima može biti korisna mjera za usporedbu s enzimima. Na primjer, ako ne možete mjeriti pri višim koncentracijama supstrata. Imali biste samo početni nagib grafa [S] vs vmax. Pri niskim koncentracijama ovaj nagib se približava kcat/Km.
Omjer kcat/Km ne predstavlja nešto stvarno, to je samo lijen način za usporedbu enzima, kombinirajući dva broja od kojih svaki predstavlja nešto drugačije u jedan broj koji izgleda dobro samo zato što je jedan broj.
Na dijagramu brzine u odnosu na koncentraciju supstrata (V vs. [S]), maksimalna brzina (poznata kao Vmax) je vrijednost na Y osi kojoj se krivulja asimptotski približava. Treba napomenuti da vrijednost V max ovisi o količini enzima koji se koristi u reakciji. Udvostručite količinu enzima, udvostručite Vmax. Ako se želi usporediti brzine dvaju različitih enzima, bilo bi potrebno koristiti iste količine enzima u različitim reakcijama koje kataliziraju. Poželjno je imati mjeru brzine koja je neovisna o koncentraciji enzima. Za to definiramo vrijednost Kcat , također poznatu kao broj prometa. Matematički,
Da bi se odredio Kcat, očito se mora znati Vmax pri određenoj koncentraciji enzima, ali ljepota pojma je u tome što je to mjera brzine neovisna o koncentraciji enzima, zahvaljujući pojmu u nazivniku. Kcat je dakle konstanta za enzim pod danim uvjetima. Jedinice za K cat su ( ext
3.) Isoenzymes of alkaline phosphatase: [7] Six isoenzymes have been identified. The enzyme is a monomer, the isoenzymes are due to the differences in the carbohydrate content (sialic acid residues). The most important ALP isoenzymes are α1-ALP , α2-heat labile ALP , α2-heat stable ALP , pre-β ALP and γ-ALP. Increase in α2-heat labile ALP suggests hepatitis whereas pre-β ALP indicates bone diseases.
Isozymes (and allozymes) are variants of the same enzyme. Unless they are identical in their biochemical properties, for example their substrates and enzyme kinetics, they may be distinguished by a biochemical assay. However, such differences are usually subtle, particularly between allozymes which are often neutral variants. This subtlety is to be expected, because two enzymes that differ significantly in their function are unlikely to have been identified as isozymes.
While isozymes may be almost identical in function, they may differ in other ways. In particular, amino acid substitutions that change the electric charge of the enzyme are simple to identify by gel electrophoresis, and this forms the basis for the use of isozymes as molecular markers. To identify isozymes, a crude protein extract is made by grinding animal or plant tissue with an extraction buffer, and the components of extract are separated according to their charge by gel electrophoresis. Historically, this has usually been done using gels made from potato starch, but acrylamide gels provide better resolution.
All the proteins from the tissue are present in the gel, so that individual enzymes must be identified using an assay that links their function to a staining reaction. For example, detection can be based on the localised precipitation of soluble indicator dyes such as tetrazolium salts which become insoluble when they are reduced by cofactors such as NAD or NADP, which generated in zones of enzyme activity. This assay method requires that the enzymes are still functional after separation (native gel electrophoresis), and provides the greatest challenge to using isozymes as a laboratory technique.
Isoenzymes differ in kinetics (they have different KM i Vmax vrijednosti).
Method of Initial Rates
The rate law can be determined by the method of initial rates. In this method, the experiment is performed multiple times, only changing the concentration of one reactant for each run while keeping other variables constant. The rate of the reaction is measured for each run to determine the order of each reactant in the rate law.
For example, consider the following initial rate data for the reaction:
For trial 1 and 3, the concentration of NO is kept constant while the concentration of H2 is doubled. As a result, the initial rate of reaction also doubled (think of it as 2 1 ), so you can conclude y = 1. For trial 1 and 2, the concentration of NO is doubled while the concentration of H2 remains constant. The result of this change is that the initial rate quadrupled (think of it as 2 2 ). You can therefore conclude x = 2.
The rate law for this reaction is therefore:
And the reaction is first order in H2 i second order in NO.
Oprostite na onome što sam ovdje da se miješam ... u posljednje vrijeme. Ali oni su vrlo bliski temi. Oni mogu pomoći u odgovoru.
I would say about the monumentality, grandeur of some plots. And I would call it - unfiltered real. In my opinion, beauty is still something else: the best, the purest, the chosen one, which makes you tremble and be amazed. You can find beauty in everything, but everything in a crowd is not beauty. IMHO.
Postoji web mjesto na pitanju zanimljivo.
When will the new articles appear? And then a month has passed. Want something new.